В рамках проекта "Моделирование фундаментальных генетических процессов и систем" (научные руководители д-р биол. наук Н.А.PКолчанов, чл.-корр. РАН С.С.PГончаров) с участием ИЦГ, ИМ, ИВТ, ИВМиМГ, ИТФ и МТЦ осуществлялось исследование фундаментальных молекулярно-генетических систем и процессов с использованием методов компьютерного анализа и моделирования. Для описания генных сетей разработана база данных GeneNet через Интернет (http//wwwmgs.bionet.nsc.ru/systems/mgl/genenet/). GeneNet позволяет формализовать разнообразную информацию о структурно-функциональной организации генных сетей, выделить элементарные компоненты и взаимодействия, а также представить информацию пользователю в графическом виде. В настоящее время в GeneNet содержится информация о 23 генных сетях в семи тематических разделах.
абсцисс расстояние от старта транскрипции в парах оснований (п.о.).
Рис. 4.2. Профиль нуклеосомного потенциала для промоторов различной функциональной специфичности. По оси
Впервые разработан компьютерный метод вычисления нуклеосомного потенциала ДНК, характеризующего ее способность к формированию нуклеосомы (рис. 4.2). С его использованием проведено систематическое исследование нуклеосомного уровня организации хроматина геномов различных видов эукариот. Изучали профиль нуклеосомного потенциала для промоторов генов человека с качественно различающимся характером экспрессии: тканеспецифичных; экспрессирующихся в широком кругу тканей; генов "домашнего хозяйства". Средние профили нуклеосомного потенциала для промоторов трех групп генов приведены на рис. 4.2. Оказалось, что нуклеосомный потенциал во всех трех группах генов уменьшается по мере приближения к старту транскрипции. Между профилями для трех групп промоторов имеются существенные различия: наиболее высокие значения наблюдаются для промоторов тканеспецифичных генов, более низкие значения для промоторов генов, экспрессирующихся в широком кругу тканей, наконец для промоторов генов "домашнего хозяйства" наблюдаются самые низкие значения. Таким образом выявлены основы контекстно-конформационного кода нуклеосомного уровня организации хроматина эукариот.
полученная в результате локализации проб уникальной ДНК всех хромосом каждого вида на хромосомы остальных видов. 1-22, X и Y хромосомы человека.
Рис. 4.1. Полная интеграционная карта хромосом человека (HSA), собаки (CFA), кошки (FCA), американской норки (MVI),
В Институте цитологии и генетики на основе использования хромосом-специфических библиотек человека, кошки, американской норки, лисицы и собаки проведено детальное реципрокное сравнение геномов этих видов (рис. 4.1). Получены полные интеграционные карты хромосом у перечисленных видов.
ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ БИОЛОГИИ И БИОТЕХНОЛОГИИ
Комментариев нет:
Отправить комментарий